液相色譜柱通常分為正相柱和反相柱。正相色譜柱大多以硅膠為柱，或是在硅膠表面鍵合-CN,-NH3等官能團的鍵合相硅膠柱;反相色譜柱填料主要以硅膠為基質(zhì)，在其表面鍵合非極性的十八烷基官能團（ODS）稱為C18柱，其它常用的反相柱還有C8,C4,C2和苯基柱等。另外還有離子交換柱，GPC柱，聚合物填料柱等。

反相色譜柱的優(yōu)點是固定相穩(wěn)定，應(yīng)用廣泛，可使用多種溶劑。但硅膠為基質(zhì)的填料，使用時一定要注意流動相的PH范圍。一般的C18柱PH值范圍都在2-8，流動相的PH值小于2時，會導(dǎo)致鍵合相的水解；當PH值大于7時硅膠易溶解；經(jīng)常使用緩沖液固定相要降解。

反相色譜柱的影響因素：

(1)柱長
有機小分子和肽類的分辨率隨柱長的增加而增加．但是柱長增加并不能使蛋白質(zhì)和核酸等生物大分子的分辨率顯著增加．它們在較短的柱子上往往也有很好的分離效果。
(2)流動相的流速。
有機小分子和肽類的分辨率對流動相流速非常敏感。而蛋白質(zhì)和核酸等生物大分子的分辨率則不然。流速越小，柱子越長，色譜峰的寬度就越大，分辨率就越小。制備色譜上樣過程中的流速對動態(tài)吸附容量影響很大。
(3)溫度。
溫度上升，流動相黏度下降，流動速度加快，且流動相與固定相之間的傳質(zhì)速度加快，使分辨率增加。同時，溫度上升，分子熱運動增加，疏水性作用減弱。升高溫度要考慮目標物質(zhì)的熱穩(wěn)定性。
(4)流動相組成。
流動相的極性越大，溶質(zhì)的分配系數(shù)越大，洗脫時間越短。RPC多采用降低流動相極性(水含量)的線性梯度洗脫法。水是極性zui強的溶劑，在反相色譜中常常和基礎(chǔ)溶劑配合使用，向流動相中加入不同濃度的、可以與水混溶的有機溶劑，以得到不同強度的流動相，這些有機溶劑稱為修飾劑。反相色譜中zui常用的有機溶劑有甲醇和乙腈。此外，乙醇、四氫呋喃、異丙醇及二氧六環(huán)也常被用作修飾劑。有機溶劑梯度的大小也會影響分辨率，一般梯度越小．分辨率越大。